Tabuu es el verdadero líder del ejército del subespacio. Él usa a Master Hand (quien está atado a las Cadenas de luz) como un títere para dar órdenes. Sólo el Ministro Antiguo conoce la existencia de Tabuu. Hasta donde se sabe, parte de su deseo de ampliar el Subespacio es para aumentar su poder.
Ganondorf es el segundo al mando del ejército del subespacio, viéndose en posesión de la tecnología necesaria para alterar la programación de los R.O.B. y actuando como líder de la mayoría de las tropas. Él, sin embargo, no es leal a Master Hand, y busca derrocarle para obtener dominio del mundo.
Bowser es el tercero al mando del ejército del subespacio. A diferencia de Ganondorf, él prefiere capturar a los habitantes del mundo, así como usar a su fuerza personal de Koopa Troopas para manejar tareas más grandes, como atacar el castillo del Rey Dedede. Él era el único miembro del ejército que mostraba verdadera lealtad a Master Hand, expresando tristeza al verle derrotado. Por otra parte, no le agrada por Ganondorf, aún menos luego de la traición del mismo.
El Ministro Antiguo tiene un (renuente) papel de liderazgo, al mando del Batallón R.O.B.. Su tarea principal consiste en implementar bombas subespaciales en todo el mundo. Sin embargo, está sujeto a las ordenes de Ganondorf, Bowser, y Tabuu. Después de recibir varios disparos por parte de R.O.B.s controlados por Ganondorf, su túnica se quema, revelando su verdadera identidad, R.O.B., el Robot supremo.
Wario es un miembro de bajo rango que no es muy obediente de ninguna autoridad del ejército. Al igual que Bowser, el prefiere capturar a los enemigos del ejército, pero a diferencia de este, Wario prefiere hacerlo a su manera, asemejándose más a un cazarrecompensas.
El Rey Dedede atacó la Hal Abarda al mismo tiempo que el ejército, efectivamente evitando que Meta Knight pudiera defender la nave. Aunque no se menciona alguna afiliación con el ejército, es posible que haya sido engañado para atacar la Hal Abarda como una distracción.
